Il territorio di Varese fu abitato già a partire dall'epoca Preistorica, questo lo si è potuto constatare grazie a dei ritrovamenti effettuati il logo e sull'isola Virginia. Varese, alle origini villaggio Gallico, fu un centro importante soprattutto di passaggio per le rotte commerciali oltralpe.

Nel medioevo la città di Varese fu fortificata e presidiata da torri e successivamente dal castello di Belforte.

Nel XVIII sec. la città di Varese fu governata dal Duca di Modena Francesco d'Este, il quale trasforma la città al fine di ospitare i nobili e l'alta aristocrazia a banchetti e battute di caccia, in città iniziano ad essere costruite le importanti ville dei signori che qui si stabilivano per trascorrere il periodo estivo.

Nei primi anni '800 la città di Varese fu dotata di corrente elettrica per la pubblica illuminazione stradale, e pochi anni dopo fu inaugurata la linea ferroviaria Varese – Milano.

Nel 1859 la città di Varese fu espugnata da Garibaldi, e liberata dagli Austriaci lasciò la città indifesa, questo fu il momento propizio per le truppe austriache di tornare alla carica e bombardare la città. L'esercito Austriaco fu sconfitto successivamente nella battaglia di Magenta. Tuttavia del bombardamento su alcuni edifici e sul campanile di San Vittore sono ancora ben in vista i segni di quella incomprensibile furia devastatrice ai danni della popolazione inerme.

Dopo l'Unità del Regno d'Italia Varese iniziò il suo progressivo ammodernamento, sul suo territorio sorsero moltissime industrie che richiamarono molta forza lavoro contadina in cerca di una migliore sistemazione.

Con l'avvento del fascismo la città di Varese nel 1927 fu scissa dalla provincia di Como, per diventare la nuova provincia Lombarda.