La chiesa fu fondata nel '600 da Antonio Barberini, a quel tempo cardinale e frate cappuccino, nonché fratello dell'attuale papa n carica Urbano VIII. Egli volle elle sepolto nella chiesa accanto all'altare, ma in quel luogo giace solo una lastra che riporta la scritta " Qui giace solo polvere,cenere e null'altro", in quanto nella cripta è custodito l'ossario, ove i cappuccini sistemavano i loro fratelli, utilizzando le loro ossa per comporre altari, lampadari e simboli sacri. Questi 5 altari della morte sono composti da circa 4000 corpi, tra questi vi è anche una principessa Barberini morta bambina.