Cortona fu abitata già attorno al VIII sec. a.C., questo lo si è potuto desumere dai ritrovamenti di un'abitazione villanoviana. Successivamente al Periodo Etrusco, alla conquista da parte di Roma e alla concessione nell'89 a.C. della cittadinanza romana, la storia riporta solo alcuni momenti frammentati della città di Cortona, la quale fu devastata dalla dominazione dei barbari: Goti, Bizantini e Longobardi. Questo periodo fu spezzato con l'arrivo dell'imperatore Carlo Magno.

Nel XIII sec. la città è divenuta libero Comune, dove il governo è tenuto dal Podestà. Purtroppo anche qui nacquero le lotte intestine fra Guelfi e Ghibellini, i quali, a seconda delle alleanze o con Perugia o con Firenze, mettevano in crisi la città con scorrerie di ogni genere. Nel 1258 la città fu occupata dalle truppe di Arezzo, e liberata solo nel 1261 con l'aiuto dei Senesi, che riuscirono a riconquistare la città. Nel 1325 in Cortona fu instaurata la prima Diocesi per volere di papa Giovanni XXII .

Sotto il governo di Cosimo I , la città di Cortona ebbe un maggiore impulso militare, tale segno fu dato con la costruzione della fortezza Medicea detta il Girifalco, là dove un tempo sorgeva la rocca medioevale. Sotto il governo del gran duca di Toscana Lorena la città di Cortona, così come tutta la Valdichiana fu potenziata per mezzo di maggiori infrastrutture, come la bonifica di molte zone paludose, le quali furono utilizzate come campi agrari.

Agli inizi del '700 fu fondata l'Accademia Etrusca, per volere dei fratelli Venuti, ai quali si unirono diversi altri scienziati, i quali si occuparono di riportare alla luce la storia non solo Etrusca, ma dell'intero territorio Toscano. Nell'800 fu innescata la miccia dei moti rivoluzionari anche a Cortona, che la portarono alla decisione di annettersi al Regno d'Italia.

Durante la seconda guerra mondiale non fu risparmiata la popolazione della cittadina, in quanto a causa degli attacchi partigiani verso il nemico nazista, coloro che ci rimetterono la vita furono i civili, i quali pagarono con la vita ogni singolo uomo abbattutto dalla fazione alleata.