Già dal IX sec. a.C. il colle fu occupato da capanne e successivamente si istituì un villaggio etrusco. Nel IV e III sec. a.C. furono costruite le mura in travertino, per una percorrenza di 3 km.

Nel I sec. a.C. la città fu annessa allo stato romano e Augusto fece un riassetto edilizio con l'edificate di altre mura, nonché l’anfiteatro, le terme e un mausoleo. Importante fu anche la bonifica dei territori, che permise la coltivazioni di aree più vaste, e la costruzione di strade, permettendo un più rapido spostamento delle merci e delle persone. Con il passare del tempo si ampliarono le città di Orvieto e Perugia e lungo le sponde del fiume Tevere nacquero numerosi villaggi. L’epoca del triumvirato fu negativo per la città, dato che si schierò contro la Repubblica e dovette quindi subire l’assedio di Ottaviano nel 40 a.C., e successivamente presa fu data alle fiamme.

In epoca paleocristiana la città crebbe anche fuori le mura, questo portò anche alla edificazione di luoghi di culto come S. Angelo, S. Pietro e S. Costanzo. Durante le invasioni barbariche del IV sec. la crescita delle città fu arrestata, a causa anche delle continue contese fra i Longobardi e i Bizantini che cercavano di prevaricare l’altro per il controllo del territorio, fra le due fazioni arriverà a duellare per il controllo della regione anche il papato. Questi scontri si ritorcevano sulla popolazione, che stanca delle guerre e delle sopraffazioni scappò dal territorio, rifugiandosi sulle colline, lasciando i propri campi incolti.

Alla fine del XI sec. Perugia divenne libero Comune, si costruirono i palazzi comunali, quello del console e del Podestà ed infine quello dei Priori. A Perugia  e a Foligno il commerciò si sviluppò rapidamente, tanto da riservasi una posizione di notorietà in ambito europeo. Questa ricchezza portò alla costruzione di sontuosi palazzi, sedi di corporazioni, palazzi pubblici, luoghi religiosi, di cinte murarie difensive, impianti fognari, acquedotti, ma anche alla lastricatura di piazze e strade.

Nel 1348 in Umbria scoppiò la peste, che segnò l'inizio di un periodo funesto, anche a causa della Natura che si ritorceva contro l'uomo attraverso la potenza dei terremoti con intensità sino al 9°

Nel 1370 Perugia tornò sotto il dominio papale e in città furono costruite delle fortezze per evidenziare il potere temporale. Sul finire del ‘300 nacque il governo della signoria guidata da Braccio Fortebracci (1416-24). Nella metà del ‘400 il potere passò alla famiglia Baglioni, la quale tesseva le fila con il governo papale, ma era una famiglia che prestava molta attenzione ala politica e alla cultura, tanto che sul finire del ‘400 fu istituita l’università.

Nel 1540 scoppiò la guerra del "sale", ed è in questo frangente storico che il papato riacquista il potere sul territorio Umbro facendo quindi cadere l'ultimo comune restante nella penisola italica. Il Papa face edificare la Rocca Paolina (1540-1543) a Perugia, voluta da Paolo III Farnese, la quale inglobò nella sua struttura il quartiere medioevale dei Baglioni. Le strade e le piazze furono ampliate e su di esse primeggiavano le facciate rinascimentali e barocche degli edifici.

Nel 1553 la città fu invasa dai francesi, ma per breve tempo restò sotto i loro domini, in quanto ritornò presto nelle mani del pontefice. Successivamente nel 1859 la città si ribellò e le milizie papali per riportare l’ordine, decisero di saccheggiarla , ciò nonostante si accanirono sulla popolazione, compiendo stragi.

Nel 1860 Perugia fu annessa al Regno d’Italia, in questo nuovo anno fu demolita la Rocca Paolina e questo consentì un nuovo ridisegnamento del centro della città, creando l’ampia Piazza Italia. La ferrovia fu innestata nel 1867, in una città che si espandeva lungo le direttrici di accesso, questo fattore fu accentato soprattutto dopo il I° dopo guerra, con i piani regolatori.