L'area che oggi identifica la città di Civita di Bagnoregio in tempi antichi si presentava molto più ampia, la sua dislocazione le permetteva di avere un controllo su tutto il territorio circostante. Si pensa che prima degli Etruschi questi luoghi fossero abitati dalle popolazioni Villanoviane. Nel III sec. a.C. la città fu espugnata dai Romani, detenendo quindi il controllo del territorio circostante il lago di Bolsena, da dove passava anche la via Cassia.
Successivamente, con la caduta dell'Impero Romano, arrivò la dominazione Longobarda, la quale fu neutralizzata dall'arrivo di Carlo Magno re dei Franchi, il quale diede la città in dono al papato, che la detenne finno al XII sec., quando la città divenne un libero Comune. La città fu da sempre in lotta con Orvieto, che al tempo era controllata dalla Signoria dei Monaldeschi, i quali riuscirono a conquistare anche Bagnoregio. Nel XIV sec. la popolazione si ribellò al controllo della Signoria scacciandola, ma nel XV sec. iniziò la dominanzione da parte del papato per mezzo dei Vescovi, i quali accentrarono il potere amministrativo all'interno delle mura della cittadina sospesa, dove nel frattempo erano state edificate le abitazioni delle famiglie nobili: Alemanni, Bocca e Colesanti.
Nel '600 una serie di terremoti causò gravi danni alla città, con smottamenti del terreno e crolli di edifici, che la resero quasi inabitabile, tanto che la popolazione iniziò a migrare verso altri luoghi più sicuri. Il terremoto che fece decretare lo spopolamento effettivo della cittadina fu quello del secolo successivo, che fece crollare il ponte naturale che metteva in comunicazione Civita di Bagnoregio con il borgo di Rota, l'attuale Bagnoregio.
Oggi questa cittadina ha pochissimi abitanti che vivono all'interno del borgo medioevale durante tutto l'anno, mentre si ripopola a partire dall'inizio dell'estate, per la stagione estiva fino a Settembre, per tornare successivamente al suo silenzio con l'arrivo dell'autunno.
Tuttavia la città costruita su di questo spunzone di roccia di materiale argilloso, è destinata a franare, in quanto i due corsi d'acqua, che sono all'interno della vallata, continuano ad erodere le sue pendici. Purtroppo è questione solo di tempo e anche questo luogo incantato sarà perduto per sempre. Una frase molto sentita è quella del figlio di questa città, San Buonaventura, il quale definì Civita come "La Città che Muore".
